همزمان با اینکه معاون حقوقی و قضایی سازمان قضایی نیروهای مسلح، پرونده كهریزک را "پایان یافته" و در حال ارسال به دیوان عالی كشور برای تجدیدنظر" ذکر کرده، دادستان تهران طی مصاحبه ای رادیویی اعلام کرد "سعید مرتضوی اصلی ترین متهم پرونده کهریزک است." به گزارش آفتاب نیوز، محمد مصدق، معاون حقوقی و قضایی سازمان قضایی نیروهای مسلح، درباره آخرین وضعیت پرونده حادثه بازداشتگاه كهریزک، اظهار داشت: از دیدگاه ما رسیدگی به پرونده كهریزک به اتمام رسیده و این پرونده طبق روال سایر پرونده‌ها، در حال ارسال به دیوان عالی كشور برای تجدیدنظر است.
وی همچنین گفت "بر اساس مقررات آیین دادرسی كیفری، تا پیش از قطعی شدن حكم قضایی، به‌دلیل احتمال تبرئه متهمان امكان اطلاع‌رسانی درباره افراد موضوع حكم وجود ندارد."
همزمان با اظهارات فوق، سامانه خبری آفتاب نیوز گزارش داد عباس جعفری دولت آبادی، دادستان عمومی و انقلاب تهران در پاسخ به سوالی پیرامون پرونده متهمین کهریزک خاطرنشان کرد: افراد درگیر در این پرونده که مسئولیت قضایی داشته‌اند در حال حاضر به حال تعلیق درآمده‌اند و رسیدگی قضایی به عملکرد آنها پیگیری می‌‌شود.
دولت‌آبادی ضمن پرهیز از اعلام نام همه افراد مورد اتهام در وقایع کهریزک شاخص‌ترین فرد این پرونده را دادستان سابق تهران معرفی کرد و افزود ما تلاش می‌کنیم از معرفی متهمین تا صدور رای دادگاه خودداری کنیم و این نامی هم که اشاره شد از آنجایی است که بسیاری از رسانه‌ها پیش از این به نام ایشان اشاره کرده‌اند.
دادستان تهران درباره ادامه اشتغال برخی متهمین حادثه کهریزک در دستگاه‌های دولتی تصریح کرد: وظیفه ما فقط رسیدگی به تخلفات انجام شده در دوره تصدی سمت قضایی این افراد است و درباره مسئولیت واگذار شده به ایشان باید از دولت سوال کنید.
سعید مرتضوی، مسئول بازداشت ده‌ها تن از روزنامه نگاران، معترضان و رهبران جنبش اصلاحات و همچنین یکی از نقش‌آفرینان مهم فجایع بازداشتگاه کهریزک، سال گذشته پس از عزل از مقام دادستانی تهران و همزمان با در معرض اتهام قرار گرفتن پیرامون وقایع کهریزک، بلافاصله به دستور محمود احمدی‌نژاد، به سمت نماینده ویژه رئیس دولت و ریاست ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز منصوب شد.
طی ماه گذشته و پس از صدور حکم برای چندین تن از ماموران انتظامیِ دخیل در فجایع بازداشتگاه کهریزک، رسانه های خبری از صدور حکم تعلیق سعید مرتضوی، دادستان سابق تهران، و دو مقام قضایی دیگر (حسن دهنوی، مشهور به قاضی حداد، معاون امنیت وقت دادستان تهران و حیدری‌فرد دادیار سابق دادسرای ویژه امنیت تهران)، به دلیل تخلفاتشان در پرونده مربوط به بازداشتگاه کهریزک گزارش داده بودند.
در جریان حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸، تعداد زیادی از بازداشت شدگان اعتراضات روز ۱۸ تیر، با دستور مقامات فوق، بویژه سعید مرتضوی، به بازداشتگاه کهریزک منتقل شدند و در آنجا مورد ضرب و جرح و شکنجه قرار گرفتند.
بلافاصله بعد از چند روز چندین نفر از متهمان بر اثر شدت شکنجه ها جان باختند و پس از درز اخبار آن فجایع، رهبر جمهوری اسلامی، در روز پنجم مردادماه، دستور تعطیل شدن بازداشتگاه کهریزک را به دلیل "غیراستاندارد" بودن صادر کرد.
بعد از انتشار اخبار گسترده ای پیرامون شکنجه و آزار بازداشت شدگان در جنوب تهران و دستور ناگهانی رهبر ایران برای تعطیلی آن محل، صداوسیمای جمهوری اسلامی نیز، با نمایش تصاویر محسن روح الامینی، امیر جوادی فر و محمد كامرانی، از كشته شدن سه نفر در بازداشتگاه كهریزك و بدلایل "نام معلوم" خبر داد.
همزمان قوه قضائیه و مجلس نیز، دستور پیگیری حوادث آن بازداشتگاه را صادر و هئیتی را مامور آن کرده بودند و همزمان مهدی کروبی، نامزد اصلاح طلب معترض به نتایج انتخابات ریاست جمهوری، با استناد به شواهدی، از شکنجه و آزار جنسیِ بازداشت شدگان حوادث پس از انتخابات خبر داد.
با مراجعات مکرر و مستندات و شکایت خانواده فردی جانباخته بنام رامین آقازاده قهرمانی که در جریان اعتراضات بعد از انتخابات، توسط مامورین دستگیر و به بازداشتگاه كهریزك برده شده بود، مشخص شد که آمار کشته شدگان در آن محل، بیش از اعلام و اعلان رسمی است.
در گزارشی که کمیته ویژه مجلس شورای اسلامی برای پیگیری حوادث پس از انتخابات تهیه کرد و اواخر دی ماه از جلسه علنی مجلس قرائت شد، سعید مرتضوی، دادستان عمومی و انقلاب وقت تهران به عنوان یکی از صادرکنندگان دستور انتقال بازداشت شدگان به بازداشتگاه کهریزک معرفی شد.
مرتضوی پیش از آن گفته بود که دلیل انتقال بازداشت شدگان به کهریزک، "فقدان ظرفیت زندان اوین" و علت مرگ کشته شدگان هم "بیماری مننژیت" بوده است، اما کمیته ویژه مجلس در گزارش خود هر دو این اظهارات را خلاف واقع اعلام کرد.
روابط عمومی سازمان قضایی نیروهای مسلح، روز چهارشنبه ۹ تیر (۳۰ ژوئن) با صدور اطلاعیه ای که در پایگاه رسمی خود آن را منتشر نمود، دو تن از ماموران نیروی انتظامی را مسئول قتل امیر جوادی فر، محسن روح الامینی و محمد کامرانی شناخت و آنها را علاوه بر "قصاص نفس"، به تحمل حبس، انفصال موقت از خدمت، پرداخت جزای نقدی، تحمل شلاق تعزیری و پرداخت دیه هم محکوم نمود. و ۹ مامور انتظامی و متهم دیگر پرونده هم به اتهامات مختلف به تحمل مجازات هایی چون تحمل حبس، پرداخت دیه و جزای نقدی، انفصال موقت از خدمت و تحمل شلاق محکوم شدند.
خانواده جانباختگان کهریزک معتقدند هنوز آمرین و مقامات اصلی این فاجعه ملی معرفی و مورد مجازات قرار نگرفته اند و این رسیدگی فقط شامل حال عاملین جنایات رخ داده در بازداشتگاه کهریزک بوده است.
حکم اعدام یک زندانی در شهر شیروان توسط مقامات قضایی اجرا شد.