پوشیده نبود که خامنه‌ای در جریان نزاع رفسنجانی و احمدی‌نژاد بر سر دانشگاه آزاد، سرانجام جانب احمدی‌نژاد را خواهد گرفت. در این هفته خامنه‌ای با ارسال نامه‌ای به دو طرف درگیر، حکم خود را به نفع احمدی‌نژاد صادر کرد و سرنوشت یک ثروت کلان چند صد تریلیون تومانی را که درآمد سالانه آن صدها میلیارد تومان است، به دست دار و دسته خودش و احمدی‌نژاد سپرد.رفسنجانی در دوران زمام‌داری خود به عنوان رئیس جمهوری اسلامی، با قرار دادن سررشته امور اقتصادی در دست طرفداران خود، تثبیت آنها در مراکز پردرآمد اقتصادی و مالی دولت، واگذاری مؤسسات دولتی به حامیان خود و دائر کردن مؤسساتی که منبع درآمدهای کلان باشد، موقعیت سیاسی خود را به شکلی پایدار تضمین کند.
اوضاع اما آن‌گونه که او طراحی کرده بود، پیش نرفت و رقیبان‌اش سرانجام با به قدرت رساندن احمدی‌نژاد بر او پیروز شدند. اینان برای این که ضربه جدی به رفسنجانی و طرفداران وی وارد آورند، به تدریج مراکز مهم اقتصادی و مالی دولتی را از چنگ وی درآوردند و خود بر آنها چنگ انداختند. یکی از این مراکز مهم نفت بود که پس از یک رشته کشمکش‌ها بالاخره از تصرف رفسنجانی و کارگزاران وی درآمد و به تصرف گروه طرفداران احمدی‌نژاد درآمد. یکی دیگر از مراکز درآمدهای کلان برای رفسنجانی و طرفداران وی دانشگاه آزاد بود که بعد از نفت بیش‌ترین اهمیت را به لحاظ اقتصادی و سیاسی برای آنها دربرداشت. احمدی‌نژاد در دوره چهار ساله‌ی نخست زمام‌داری‌اش برای گرفتن دانشگاه آزاد از دست رفسنجانی، خیز برداشت، اما موفق نشد. نفوذ رفسنجانی در دستگاه دولتی جمهوری اسلامی هنوز در آن حد بود که بتواند بر سر این مسئله ایستادگی کند. اما بحران سیاسی پس از “انتخابات” سال ۸۸، وضعیت سیاسی رفسنجانی را به کلی تضعیف نمود. اکنون موقعیت برای طرفداران احمدی‌نژاد مساعد شده بود که دانشگاه آزاد را هم از چنگ رفسنجانی درآورند و آن را به عاملی دیگر برای تقویت موضع خود قرار دهند.
رفسنجانی که دریافت دیگر نمی‌تواند دانشگاه آزاد را به شکل گذشته در اختیار خود نگه دارد، تلاش کرد از طریق وقف این دانشگاه و اعلام این که خامنه‌ای هم با این وقف موافقت کرده است، حریف را به عقب‌نشینی وادارد. اما خامنه‌ای که خودش پشت این قضیه برای تضعیف موقعیت اقتصادی و سیاسی رفسنجانی بود، از طریق دفترش اظهارات رئیس دانشگاه آزاد را تکذیب کرد. گفته شد که خامنه‌ای هیچ نظری در این مورد ابراز نکرده است. همین کافی بود تا احمدی‌نژاد در رأس شورای انقلاب فرهنگی با تغییر اساسنامه و هیئت امناء، برای خلع ید از رفسنجانی دست به کار شود. رفسنجانی چاره‌ای نداشت جز این که دست یاری به سوی خامنه‌ای دراز کند. خامنه‌ای هم برای این که او را از سر باز کند و خودش مستقیماً چیزی نگوید، از رئیس قوه قضائی خواست که مسئله را بررسی کند و ببیند که آیا وقف دانشگاه از نظر فقهی و حقوقی ممکن است یا نه؟ نزاع اما بر سر ثروت و درآمد کلان دانشگاه آزاد، نه فقهی بود و نه حقوقی. نزاع درونی دزدان و چپاول‌گران بر سر تصرف ثروتی بود که متعلق به مردم ایران است. در این نزاع درونی دزدان، آن که زور و قدرت‌اش بیشتر بود، برنده شد. رئیس قوه قضائی رژیم که گماشته خود خامنه‌ای‌ست، در مقام داور اعلام کرد که از هر دو جهت حقوقی و فقهی، وقف ممکن نیست و رفسنجانی را بازنده و احمدی‌نژاد را برنده اعلام کرد. خامنه‌ای هم با استناد به حکم داوری عدل اسلامی در نامه خود خطاب به هاشمی و احمدی‌نژاد نوشت: “در پی مأموریت به دو هیئت فقهی و حقوقی برای بررسی عمیق و همه جانبه درباره وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامی، مجموعه بحث‌ها و تدقیق در ادله مختلف، به این نتیجه قطعی منتهی شد که وقف مزبور دارای اشکالات اساسی فقهی و حقوقی است. بنابراین وقف مزبور از لحاظ فقهی و حقوقی صحیح نیست.”
ماجرا پایان یافت و اکنون دانشگاه آزاد با مجموعه دارایی و ثروتی که ۲۵۰ تا ۴۰۰ هزار میلیارد تومان برآورد می‌شود و یک درآمد سالانه ده‌ها میلیارد تومانی از تصرف دار و دسته هاشمی رفسنجانی خارج شد و به تصرف دار و دسته خامنه‌ای و احمدی‌نژاد درآمد.
در حالی که چند روز پیش از اعلام رسمی حکم خامنه‌ای، هاشمی رفسنجانی اعلام کرده بود که هیچ کس نمی‌تواند وقف دانشگاه آزاد را بر هم زند و اگر کسی توانست این کار را انجام دهد از خدا قوی‌تر است، خامنه‌ای وقف دانشگاه آزاد را بر هم زد و به کنایه خطاب به رفسنجانی گفت: گویا فراموش کرده‌ای که خدا برای ترساندن مردم ناآگاه است و نه ترساندن خودمان. به ویژه اگر پای پول و منافع کلان مادی در میان باشد، آن‌گاه بی هیچ تردیدی باید گفت آن که زورش بیشتر است، بالاترین و قدرتمندترین خدایان است.
